Sadržaj
Lise je grčka riječ i jednostavno znači "dijeliti" ili "raspadati se". Dobar je opis reakcije koja se događa sa stanicama u puferu za lizu, otopina koja ih razgrađuje kako bi se izdvojio njihov sadržaj. Znanstvenici koriste ove otopine za izdvajanje DNA ili proteina u analizi stanica, posebno u slučaju bakterija. Vrsta pufera za lizu stanica razlikuje se ovisno o vrsti eksperimenta, ali spomenut ćemo neke uobičajene izbore.
Pufer i sol
Puferske otopine stabiliziraju pH, dok stanice prolaze postupak lize. Otopina tris-HCL najčešći je pufer za puferiranje pri pH 8, ako se želi pH. HEPES je još jedno uobičajeno pufersko rješenje u ovim eksperimentima. Natrijev klorid se također može dodati za povećanje ionske snage, ukupne koncentracije otopljenih tvari izvan stanica. Potonje je važno jer se voda može proširiti na sve stanične membrane, od područja s niskom koncentracijom otopljene tvari do onih s visokom koncentracijom.
Deterdžent
Deterdžent je glavni sastojak koji otapa staničnu membranu kako bi sadržaj mogao pobjeći. Deterdženti su amfipatičke molekule, odnosno s jednim krajem koji lako stupa u interakciju s molekulama vode, dok drugi hidrofobni kraj, ili "koji se boji vode", ne čini tu interakciju. Oni mogu otopiti masnoće tvoreći micele, male skupine, u kojima hidrofobni repovi molekula deterdženta usmjeravaju prema molekuli masti. Uobičajeni deterdženti su natrijev dodecil sulfat ili SDS, NP-40 i tritonX.
Helatna sredstva i inhibitori
Puferi za lizu obično sadrže i helatna sredstva poput etilen diamintetraoctene kiseline (EDTA) ili retilen glikol tetraoctene kiseline (EGTA). Te se kemikalije vežu za metalne ione s +2 naboja (na primjer, magnezij i kalcij), čineći ih nedostupnima za druge reakcije. Mnoge DNAse (proteini koji žvaču DNA) i proteaze (proteini koji režu druge proteine) trebaju magnezijeve ione da djeluju, pa im uskraćivanjem ovog glavnog sastojka, EDTA i EGTA, pomažu u smanjenju razine proteaze ili aktivnosti DNAse. Međutim, oni ih ne isključuju u potpunosti, a neke proteaze ne ovise o magnezijevim kofaktorima, pa puferi za lizu ponekad sadrže i tvari nazvane inhibitorima proteaze, koje se na nju vežu i sprječavaju njezin pravilan rad.
Alkalna liza
Alkalna liza vrlo je česta tehnika za pročišćavanje plazmida od bakterija. Ova metoda podrazumijeva upotrebu tri rješenja. Prva sadrži glukozu, tris-HCL pufer, EDTA i RNAze. Glukoza stvara visoku koncentraciju otopljene tvari izvan bakterija, tako da one postaju blago mlitave, olakšavajući proces lize. EDTA i tris-HCL djeluju kako je prethodno opisano, dok će RNAze sažvakati bilo koju RNA unutar stanice kako bi je maknula s puta. Drugo rješenje učinkovito vrši lizu stanica. Sadrži deterdžent SDS i NaOH, koji podiže pH na 12 ili više, denaturacijom proteina unutar stanice i uzrokujući odvajanje DNA u jednostavne filamente. Treća otopina sadrži kalijev acetat za vraćanje pH na neutralniju razinu, tako da se lanci plazmidne DNA mogu spojiti. U međuvremenu se denaturirani proteini udružuju i talože, dok se dodecil sulfatni ioni spajaju s kalijevim ionima stvarajući netopivi spoj koji također može precipitirati iz otopine.